要想使牡丹花开得好，冬季管理不容忽视。牡丹冬季管理主要有以下几项工作：
除叶冬季叶片干枯，常宿存于枝条上。因叶片上多有病菌和虫卵，故应及时剪除，以免落到地面，翌年再传播病虫。剪除枯叶时应在叶柄基部1至1.5厘米处，以免损伤花芽。对已产生离层容易脱落的叶片，用手拔掉即可。对剪除或拔掉的枯叶应集中烧掉。
修剪牡丹在冬季已处于休眠状态，此时正宜修剪。应在保持株形圆满的前提下，剪除主枝周围从地面发出的萌蘖枝及植株上的重叠枝、交叉枝、病虫枝。对有花芽的粗壮枝应全部保留;对只有叶芽而无花芽的枝条只剪去细弱枝，而保留一部分较粗枝。总之，要使全株枝条长短疏密适度，便于通风透光。
施肥牡丹是喜肥花木，冬季休眠期即使施入较多的肥料，也不致产生“烧根”现象。但为了安全起见，施肥应施半腐熟的饼肥或人粪尿。每株6至10年生的牡丹可施饼肥300克或人粪尿600克。大株牡丹适当增加施肥量。在以有机肥料为主的情况下，每株牡丹也可掺入30至50克复合肥。施肥应在距牡丹主根20至25厘米处两侧挖10厘米的浅穴施入。
病虫防治牡丹常见的病害是灰霉病和褐斑病。冬季可用波美5度石硫合剂或托布津800倍药液喷洒全株进行防治。危害牡丹最为严重的害虫是吹绵蚧和蛴螬(金龟子幼虫)。防治吹绵蚧可用竹刀将枝干上所有的虫体刮去并烧掉，然后用波美3至5度石硫合剂涂抹枝干，即可杀死绝大部分越冬的雌虫和虫卵。防治蛴螬可用氧化乐果或敌敌畏乳油500至800液浇灌牡丹根部。
清除越冬杂草冬季常发现牡丹园或盆栽牡丹盆内生长着耐寒杂草，应及时予以清除，以免与牡丹争夺养分。最好对牡丹栽培地进行一二次全面深锄，这样不仅清除了杂草，也可起到松土保墒作用，有利于牡丹安全越冬。